Các Trung tâm trực thuộc ISAI luôn hoạt động theo hệ thống quản trị, quản lý, chiến lược do Hội đồng viện đề ra. Và người đứng đầu trung tâm được lựa chọn kĩ lưỡng những người có đầy đủ phẩm chất, kinh nghiệm, năng lực nhất.

Hiện Viện Chiến Lược & Đổi Mới Sáng Tạo có các trung tâm sau: